Current Build

Переводит команда Health Samurai . Приглашаем поучаствовать в русификации стандарта FHIR: GitHub , Email.

10.7 Ресурс Specimen - Назначение

Orders and Observations Work GroupMaturity Level: 2 Trial UseSecurity Category: Patient Compartments: Device, Patient, Practitioner

Проба для анализа.

Any material sample:

  • taken from a biological entity, living or dead
  • taken from a physical object or the environment

Some specimens are biological and can contain one or more components including but not limited to cellular molecules, cells, tissues, organs, body fluids, embryos, and body excretory products (source: NCI Thesaurus , modified).

The specimen resource covers substances used for diagnostic and environmental testing. The focus of the specimen resource is the process for gathering, maintaining and processing the specimen as well as where the specimen originated. This is distinct from the use of Substance which is only used when these other aspects are not relevant.

The current definition of the specimen resource contains only basic information about specimen containers. It does not address the recursive nature of containers or the tracking of the location of a container within its parent container (for instance: a tube in a tray in a rack in a freezer). The frequency with which these elements are tracked may depend on the context of use; general lab, biobanking, etc. Comments from reviewers on the appropriate scope for this resource, and the need for tracking related specimen management attributes, are welcomed.

На этот ресурс ссылаются DiagnosticReport, ImagingStudy, Media, MolecularSequence, Observation, ServiceRequest и itself

Структура

ИмяФлагиКард.ТипОписание и ограниченияdoco
.. Specimen TUDomainResourceПроба для анализа
Элементы, определённые в прародителе: id, meta, implicitRules, language, text, contained, extension, modifierExtension
... identifier Σ0..*IdentifierВнешний идентификатор
... accessionIdentifier Σ0..1IdentifierИдентификатор, назначенный лабораторией
... status ?!Σ0..1codeavailable | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
SpecimenStatus (Required)
... type Σ0..1CodeableConceptВид материала, из которого взят образец
v2 Specimen Type (Example)
... subject Σ0..1Reference(Patient | Group | Device | Substance | Location)Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
... receivedTime Σ0..1dateTimeВремя, когда образец был получен для обработки
... parent 0..*Reference(Specimen)Другая проба, из которой была взята данная
... request 0..*Reference(ServiceRequest)Why the specimen was collected
... collection 0..1BackboneElementПодробности сбора
.... collector Σ0..1Reference(Practitioner)Кто взял образец для анализа
.... collected[x] Σ0..1Время сбора
..... collectedDateTimedateTime
..... collectedPeriodPeriod
.... duration Σ0..1DurationHow long it took to collect specimen
.... quantity 0..1SimpleQuantityКоличество собранного образца
.... method 0..1CodeableConceptМетод взятия образца
FHIR Specimen Collection Method (Example)
.... bodySite 0..1CodeableConceptАнатомическое место взятия пробы
SNOMED CT Body Structures (Example)
.... fastingStatus[x] Σ0..1Whether or how long patient abstained from food and/or drink
v2 Relevant Clincial Information (Extensible)
..... fastingStatusCodeableConceptCodeableConcept
..... fastingStatusDurationDuration
... processing 0..*BackboneElementProcessing and processing step details
.... description 0..1stringТекстовое описание процедуры
.... procedure 0..1CodeableConceptIndicates the treatment step applied to the specimen
Specimen processing procedure (Example)
.... additive 0..*Reference(Substance)Материал, использованный на этом этапе обработки
.... time[x] 0..1Date and time of specimen processing
..... timeDateTimedateTime
..... timePeriodPeriod
... container 0..*BackboneElementНепосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
.... identifier Σ0..*IdentifierИдентификатор контейнера
.... description 0..1stringТекстовое описание контейнера
.... type 0..1CodeableConceptВид контейнера, напрямую связанного с образцом
Specimen container (Example)
.... capacity 0..1SimpleQuantityОбъем или размер контейнера
.... specimenQuantity 0..1SimpleQuantityКоличество образца внутри контейнера
.... additive[x] 0..1Additive associated with container
v2 Additive (Example)
..... additiveCodeableConceptCodeableConcept
..... additiveReferenceReference(Substance)
... condition Σ0..*CodeableConceptState of the specimen
v2 Specimen Condition (Extensible)
... note 0..*AnnotationComments

doco Документация по этому формату

UML-диаграмма (Legend)

Specimen (DomainResource)Идентификатор образцаidentifier : Identifier [0..*]The identifier assigned by the lab when accessioning specimen(s). This is not necessarily the same as the specimen identifier, depending on local lab proceduresaccessionIdentifier : Identifier [0..1]The availability of the specimen (this element modifies the meaning of other elements)status : code [0..1] « Коды описания состояния/доступности образца для анализа. (Strength=Required)SpecimenStatus! »The kind of material that forms the specimentype : CodeableConcept [0..1] « Тип образца для анализа. (Strength=Example)v2.0487?? »Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a devicesubject : Reference [0..1] « Patient|Group|Device|Substance|Location »Время, когда образец был получен для обработки или исследованияreceivedTime : dateTime [0..1]Ссылка на исходную пробу указывается, когда проба получена или является компонентом другой пробыparent : Reference [0..*] « Specimen »Details concerning a service request that required a specimen to be collectedrequest : Reference [0..*] « ServiceRequest »A mode or state of being that describes the nature of the specimencondition : CodeableConcept [0..*] « Codes describing the state of the specimen. (Strength=Extensible)v2.0493+ »To communicate any details or issues about the specimen or during the specimen collection. (for example: broken vial, sent with patient, frozen)note : Annotation [0..*]CollectionЧеловек, который осуществил сбор образцаcollector : Reference [0..1] « Practitioner »Время, когда образец был взят у субъекта - физиологически значимое времяcollected[x] : Type [0..1] « dateTime|Period »The span of time over which the collection of a specimen occurredduration : Duration [0..1]Количество собранного образца; например объем пробы крови или физическое измерение образца анатомической патологииquantity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Кодированное значение метода, использованного для выполнения данной процедурыmethod : CodeableConcept [0..1] « Метод выполнения процедуры. (Strength=Example)FHIRSpecimenCollectionMethod?? »Анатомическое место, из которого была взята проба (если субъектом является пациент). Это целевое место. Этот элемент не используется для образцов окружающей средыbodySite : CodeableConcept [0..1] « Коды описания анатомического расположения. Могут включать указание латеральности. (Strength=Example)SNOMEDCTBodyStructures?? »Abstinence or reduction from some or all food, drink, or both, for a period of time prior to sample collectionfastingStatus[x] : Type [0..1] « CodeableConcept|Duration; Codes describing the fasting status of the patient. (Strength=Extensible)v2.0916+ »ProcessingТекстовое описание процедурыdescription : string [0..1]Кодированное значение, обозначающее процедуру, использованную для обработки образцаprocedure : CodeableConcept [0..1] « Тип метода, используемого для обработки образца для анализа. (Strength=Example)SpecimenProcessingProcedure?? »Материал, использованный на этом этапе обработкиadditive : Reference [0..*] « Substance »A record of the time or period when the specimen processing occurred. For example the time of sample fixation or the period of time the sample was in formalintime[x] : Type [0..1] « dateTime|Period »ContainerИдентификатор контейнера. Их может быть несколько: штрих-код производителя, идентификатор, назначенный лабораторией и т. д. В некоторых случаях идентификатор контейнера может отличаться от идентификатора образцаidentifier : Identifier [0..*]Текстовое описание контейнераdescription : string [0..1]Тип контейнера, связанный с образцом (например стекло, аликвотная проба, и т. д.)type : CodeableConcept [0..1] « Тип контейнера с образцом. (Strength=Example)SpecimenContainer?? »Емкость (объем или другая мера) контейнераcapacity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Количество образца в контейнере; может быть объемом, размерами или другими соответствующими измерениями в зависимости от типа образцаspecimenQuantity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Introduced substance to preserve, maintain or enhance the specimen. Examples: Formalin, Citrate, EDTAadditive[x] : Type [0..1] « CodeableConcept|Reference(Substance); Вещество, добавленное в контейнер с образцом. (Strength=Example) v2.0371?? »Подробности, касающиеся сбора образцаcollection[0..1]Подробности, касающиеся лечения и этапов обработки образцаprocessing[0..*]The container holding the specimen. The recursive nature of containers; i.e. blood in tube in tray in rack is not addressed herecontainer[0..*]

XML-шаблон

<Specimen xmlns="http://hl7.org/fhir"> doco
 <!-- from Resource: id, meta, implicitRules, and language -->
 <!-- from DomainResource: text, contained, extension, and modifierExtension -->
 <identifier><!-- 0..* Identifier Внешний идентификатор --></identifier>
 <accessionIdentifier><!-- 0..1 Identifier Идентификатор, назначенный лабораторией --></accessionIdentifier>
 <status value="[code]"/><!-- 0..1 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error -->
 <type><!-- 0..1 CodeableConcept Вид материала, из которого взят образец --></type>
 <subject><!-- 0..1 Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device --></subject>
 <receivedTime value="[dateTime]"/><!-- 0..1 Время, когда образец был получен для обработки -->
 <parent><!-- 0..* Reference(Specimen) Другая проба, из которой была взята данная --></parent>
 <request><!-- 0..* Reference(ServiceRequest) Why the specimen was collected --></request>
 <collection>  <!-- 0..1 Подробности сбора -->
  <collector><!-- 0..1 Reference(Practitioner) Кто взял образец для анализа --></collector>
  <collected[x]><!-- 0..1 dateTime|Period Время сбора --></collected[x]>
  <duration><!-- 0..1 Duration How long it took to collect specimen --></duration>
  <quantity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Количество собранного образца --></quantity>
  <method><!-- 0..1 CodeableConcept Метод взятия образца --></method>
  <bodySite><!-- 0..1 CodeableConcept Анатомическое место взятия пробы --></bodySite>
  <fastingStatus[x]><!-- 0..1 CodeableConcept|Duration Whether or how long patient abstained from food and/or drink --></fastingStatus[x]>
 </collection>
 <processing>  <!-- 0..* Processing and processing step details -->
  <description value="[string]"/><!-- 0..1 Текстовое описание процедуры -->
  <procedure><!-- 0..1 CodeableConcept Indicates the treatment step  applied to the specimen --></procedure>
  <additive><!-- 0..* Reference(Substance) Материал, использованный на этом этапе обработки --></additive>
  <time[x]><!-- 0..1 dateTime|Period Date and time of specimen processing --></time[x]>
 </processing>
 <container>  <!-- 0..* Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.) -->
  <identifier><!-- 0..* Identifier Идентификатор контейнера --></identifier>
  <description value="[string]"/><!-- 0..1 Текстовое описание контейнера -->
  <type><!-- 0..1 CodeableConcept Вид контейнера, напрямую связанного с образцом --></type>
  <capacity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Объем или размер контейнера --></capacity>
  <specimenQuantity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Количество образца внутри контейнера --></specimenQuantity>
  <additive[x]><!-- 0..1 CodeableConcept|Reference(Substance) Additive associated with container --></additive[x]>
 </container>
 <condition><!-- 0..* CodeableConcept State of the specimen --></condition>
 <note><!-- 0..* Annotation Comments --></note>
</Specimen>

JSON-шаблон

{doco
  "resourceType" : "Specimen",
  // from Resource: id, meta, implicitRules, and language
  // from DomainResource: text, contained, extension, and modifierExtension
  "identifier" : [{ Identifier }], // Внешний идентификатор
  "accessionIdentifier" : { Identifier }, // Идентификатор, назначенный лабораторией
  "status" : "<code>", // available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
  "type" : { CodeableConcept }, // Вид материала, из которого взят образец
  "subject" : { Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) }, // Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
  "receivedTime" : "<dateTime>", // Время, когда образец был получен для обработки
  "parent" : [{ Reference(Specimen) }], // Другая проба, из которой была взята данная
  "request" : [{ Reference(ServiceRequest) }], // Why the specimen was collected
  "collection" : { // Подробности сбора
    "collector" : { Reference(Practitioner) }, // Кто взял образец для анализа
    // collected[x]: Время сбора. One of these 2:
    "collectedDateTime" : "<dateTime>",
    "collectedPeriod" : { Period },
    "duration" : { Duration }, // How long it took to collect specimen
    "quantity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Количество собранного образца
    "method" : { CodeableConcept }, // Метод взятия образца
    "bodySite" : { CodeableConcept }, // Анатомическое место взятия пробы
    // fastingStatus[x]: Whether or how long patient abstained from food and/or drink. One of these 2:
    "fastingStatusCodeableConcept" : { CodeableConcept }
    "fastingStatusDuration" : { Duration }
  },
  "processing" : [{ // Processing and processing step details
    "description" : "<string>", // Текстовое описание процедуры
    "procedure" : { CodeableConcept }, // Indicates the treatment step  applied to the specimen
    "additive" : [{ Reference(Substance) }], // Материал, использованный на этом этапе обработки
    // time[x]: Date and time of specimen processing. One of these 2:
    "timeDateTime" : "<dateTime>"
    "timePeriod" : { Period }
  }],
  "container" : [{ // Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
    "identifier" : [{ Identifier }], // Идентификатор контейнера
    "description" : "<string>", // Текстовое описание контейнера
    "type" : { CodeableConcept }, // Вид контейнера, напрямую связанного с образцом
    "capacity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Объем или размер контейнера
    "specimenQuantity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Количество образца внутри контейнера
    // additive[x]: Additive associated with container. One of these 2:
    "additiveCodeableConcept" : { CodeableConcept }
    "additiveReference" : { Reference(Substance) }
  }],
  "condition" : [{ CodeableConcept }], // State of the specimen
  "note" : [{ Annotation }] // Comments
}

Turtle-шаблон

@prefix fhir: <http://hl7.org/fhir/> .doco


[ a fhir:Specimen;
  fhir:nodeRole fhir:treeRoot; # if this is the parser root

  # from Resource: .id, .meta, .implicitRules, and .language
  # from DomainResource: .text, .contained, .extension, and .modifierExtension
  fhir:Specimen.identifier [ Identifier ], ... ; # 0..* Внешний идентификатор
  fhir:Specimen.accessionIdentifier [ Identifier ]; # 0..1 Идентификатор, назначенный лабораторией
  fhir:Specimen.status [ code ]; # 0..1 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
  fhir:Specimen.type [ CodeableConcept ]; # 0..1 Вид материала, из которого взят образец
  fhir:Specimen.subject [ Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) ]; # 0..1 Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
  fhir:Specimen.receivedTime [ dateTime ]; # 0..1 Время, когда образец был получен для обработки
  fhir:Specimen.parent [ Reference(Specimen) ], ... ; # 0..* Другая проба, из которой была взята данная
  fhir:Specimen.request [ Reference(ServiceRequest) ], ... ; # 0..* Why the specimen was collected
  fhir:Specimen.collection [ # 0..1 Подробности сбора
    fhir:Specimen.collection.collector [ Reference(Practitioner) ]; # 0..1 Кто взял образец для анализа
    # Specimen.collection.collected[x] : 0..1 Время сбора. One of these 2
      fhir:Specimen.collection.collectedDateTime [ dateTime ]
      fhir:Specimen.collection.collectedPeriod [ Period ]
    fhir:Specimen.collection.duration [ Duration ]; # 0..1 How long it took to collect specimen
    fhir:Specimen.collection.quantity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Количество собранного образца
    fhir:Specimen.collection.method [ CodeableConcept ]; # 0..1 Метод взятия образца
    fhir:Specimen.collection.bodySite [ CodeableConcept ]; # 0..1 Анатомическое место взятия пробы
    # Specimen.collection.fastingStatus[x] : 0..1 Whether or how long patient abstained from food and/or drink. One of these 2
      fhir:Specimen.collection.fastingStatusCodeableConcept [ CodeableConcept ]
      fhir:Specimen.collection.fastingStatusDuration [ Duration ]
  ];
  fhir:Specimen.processing [ # 0..* Processing and processing step details
    fhir:Specimen.processing.description [ string ]; # 0..1 Текстовое описание процедуры
    fhir:Specimen.processing.procedure [ CodeableConcept ]; # 0..1 Indicates the treatment step  applied to the specimen
    fhir:Specimen.processing.additive [ Reference(Substance) ], ... ; # 0..* Материал, использованный на этом этапе обработки
    # Specimen.processing.time[x] : 0..1 Date and time of specimen processing. One of these 2
      fhir:Specimen.processing.timeDateTime [ dateTime ]
      fhir:Specimen.processing.timePeriod [ Period ]
  ], ...;
  fhir:Specimen.container [ # 0..* Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
    fhir:Specimen.container.identifier [ Identifier ], ... ; # 0..* Идентификатор контейнера
    fhir:Specimen.container.description [ string ]; # 0..1 Текстовое описание контейнера
    fhir:Specimen.container.type [ CodeableConcept ]; # 0..1 Вид контейнера, напрямую связанного с образцом
    fhir:Specimen.container.capacity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Объем или размер контейнера
    fhir:Specimen.container.specimenQuantity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Количество образца внутри контейнера
    # Specimen.container.additive[x] : 0..1 Additive associated with container. One of these 2
      fhir:Specimen.container.additiveCodeableConcept [ CodeableConcept ]
      fhir:Specimen.container.additiveReference [ Reference(Substance) ]
  ], ...;
  fhir:Specimen.condition [ CodeableConcept ], ... ; # 0..* State of the specimen
  fhir:Specimen.note [ Annotation ], ... ; # 0..* Comments
]

Changes since R3

Specimen
Specimen.subject
  • Min Cardinality changed from 1 to 0
  • Type Reference: Added Target Type Location
Specimen.request
  • Type Reference: Added Target Type ServiceRequest
  • Type Reference: Removed Target Type ProcedureRequest
Specimen.collection.duration
  • Added Element
Specimen.collection.fastingStatus[x]
  • Added Element
Specimen.condition
  • Added Element

See the Full Difference for further information

This analysis is available as XML or JSON.

See R3 <--> R4 Conversion Maps (status = 4 tests that all execute ok. All tests pass round-trip testing and 2 r3 resources are invalid (0 errors).)

Структура

ИмяФлагиКард.ТипОписание и ограниченияdoco
.. Specimen TUDomainResourceПроба для анализа
Элементы, определённые в прародителе: id, meta, implicitRules, language, text, contained, extension, modifierExtension
... identifier Σ0..*IdentifierВнешний идентификатор
... accessionIdentifier Σ0..1IdentifierИдентификатор, назначенный лабораторией
... status ?!Σ0..1codeavailable | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
SpecimenStatus (Required)
... type Σ0..1CodeableConceptВид материала, из которого взят образец
v2 Specimen Type (Example)
... subject Σ0..1Reference(Patient | Group | Device | Substance | Location)Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
... receivedTime Σ0..1dateTimeВремя, когда образец был получен для обработки
... parent 0..*Reference(Specimen)Другая проба, из которой была взята данная
... request 0..*Reference(ServiceRequest)Why the specimen was collected
... collection 0..1BackboneElementПодробности сбора
.... collector Σ0..1Reference(Practitioner)Кто взял образец для анализа
.... collected[x] Σ0..1Время сбора
..... collectedDateTimedateTime
..... collectedPeriodPeriod
.... duration Σ0..1DurationHow long it took to collect specimen
.... quantity 0..1SimpleQuantityКоличество собранного образца
.... method 0..1CodeableConceptМетод взятия образца
FHIR Specimen Collection Method (Example)
.... bodySite 0..1CodeableConceptАнатомическое место взятия пробы
SNOMED CT Body Structures (Example)
.... fastingStatus[x] Σ0..1Whether or how long patient abstained from food and/or drink
v2 Relevant Clincial Information (Extensible)
..... fastingStatusCodeableConceptCodeableConcept
..... fastingStatusDurationDuration
... processing 0..*BackboneElementProcessing and processing step details
.... description 0..1stringТекстовое описание процедуры
.... procedure 0..1CodeableConceptIndicates the treatment step applied to the specimen
Specimen processing procedure (Example)
.... additive 0..*Reference(Substance)Материал, использованный на этом этапе обработки
.... time[x] 0..1Date and time of specimen processing
..... timeDateTimedateTime
..... timePeriodPeriod
... container 0..*BackboneElementНепосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
.... identifier Σ0..*IdentifierИдентификатор контейнера
.... description 0..1stringТекстовое описание контейнера
.... type 0..1CodeableConceptВид контейнера, напрямую связанного с образцом
Specimen container (Example)
.... capacity 0..1SimpleQuantityОбъем или размер контейнера
.... specimenQuantity 0..1SimpleQuantityКоличество образца внутри контейнера
.... additive[x] 0..1Additive associated with container
v2 Additive (Example)
..... additiveCodeableConceptCodeableConcept
..... additiveReferenceReference(Substance)
... condition Σ0..*CodeableConceptState of the specimen
v2 Specimen Condition (Extensible)
... note 0..*AnnotationComments

doco Документация по этому формату

UML-диаграмма (Legend)

Specimen (DomainResource)Идентификатор образцаidentifier : Identifier [0..*]The identifier assigned by the lab when accessioning specimen(s). This is not necessarily the same as the specimen identifier, depending on local lab proceduresaccessionIdentifier : Identifier [0..1]The availability of the specimen (this element modifies the meaning of other elements)status : code [0..1] « Коды описания состояния/доступности образца для анализа. (Strength=Required)SpecimenStatus! »The kind of material that forms the specimentype : CodeableConcept [0..1] « Тип образца для анализа. (Strength=Example)v2.0487?? »Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a devicesubject : Reference [0..1] « Patient|Group|Device|Substance|Location »Время, когда образец был получен для обработки или исследованияreceivedTime : dateTime [0..1]Ссылка на исходную пробу указывается, когда проба получена или является компонентом другой пробыparent : Reference [0..*] « Specimen »Details concerning a service request that required a specimen to be collectedrequest : Reference [0..*] « ServiceRequest »A mode or state of being that describes the nature of the specimencondition : CodeableConcept [0..*] « Codes describing the state of the specimen. (Strength=Extensible)v2.0493+ »To communicate any details or issues about the specimen or during the specimen collection. (for example: broken vial, sent with patient, frozen)note : Annotation [0..*]CollectionЧеловек, который осуществил сбор образцаcollector : Reference [0..1] « Practitioner »Время, когда образец был взят у субъекта - физиологически значимое времяcollected[x] : Type [0..1] « dateTime|Period »The span of time over which the collection of a specimen occurredduration : Duration [0..1]Количество собранного образца; например объем пробы крови или физическое измерение образца анатомической патологииquantity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Кодированное значение метода, использованного для выполнения данной процедурыmethod : CodeableConcept [0..1] « Метод выполнения процедуры. (Strength=Example)FHIRSpecimenCollectionMethod?? »Анатомическое место, из которого была взята проба (если субъектом является пациент). Это целевое место. Этот элемент не используется для образцов окружающей средыbodySite : CodeableConcept [0..1] « Коды описания анатомического расположения. Могут включать указание латеральности. (Strength=Example)SNOMEDCTBodyStructures?? »Abstinence or reduction from some or all food, drink, or both, for a period of time prior to sample collectionfastingStatus[x] : Type [0..1] « CodeableConcept|Duration; Codes describing the fasting status of the patient. (Strength=Extensible)v2.0916+ »ProcessingТекстовое описание процедурыdescription : string [0..1]Кодированное значение, обозначающее процедуру, использованную для обработки образцаprocedure : CodeableConcept [0..1] « Тип метода, используемого для обработки образца для анализа. (Strength=Example)SpecimenProcessingProcedure?? »Материал, использованный на этом этапе обработкиadditive : Reference [0..*] « Substance »A record of the time or period when the specimen processing occurred. For example the time of sample fixation or the period of time the sample was in formalintime[x] : Type [0..1] « dateTime|Period »ContainerИдентификатор контейнера. Их может быть несколько: штрих-код производителя, идентификатор, назначенный лабораторией и т. д. В некоторых случаях идентификатор контейнера может отличаться от идентификатора образцаidentifier : Identifier [0..*]Текстовое описание контейнераdescription : string [0..1]Тип контейнера, связанный с образцом (например стекло, аликвотная проба, и т. д.)type : CodeableConcept [0..1] « Тип контейнера с образцом. (Strength=Example)SpecimenContainer?? »Емкость (объем или другая мера) контейнераcapacity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Количество образца в контейнере; может быть объемом, размерами или другими соответствующими измерениями в зависимости от типа образцаspecimenQuantity : Quantity(SimpleQuantity) [0..1]Introduced substance to preserve, maintain or enhance the specimen. Examples: Formalin, Citrate, EDTAadditive[x] : Type [0..1] « CodeableConcept|Reference(Substance); Вещество, добавленное в контейнер с образцом. (Strength=Example) v2.0371?? »Подробности, касающиеся сбора образцаcollection[0..1]Подробности, касающиеся лечения и этапов обработки образцаprocessing[0..*]The container holding the specimen. The recursive nature of containers; i.e. blood in tube in tray in rack is not addressed herecontainer[0..*]

XML-шаблон

<Specimen xmlns="http://hl7.org/fhir"> doco
 <!-- from Resource: id, meta, implicitRules, and language -->
 <!-- from DomainResource: text, contained, extension, and modifierExtension -->
 <identifier><!-- 0..* Identifier Внешний идентификатор --></identifier>
 <accessionIdentifier><!-- 0..1 Identifier Идентификатор, назначенный лабораторией --></accessionIdentifier>
 <status value="[code]"/><!-- 0..1 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error -->
 <type><!-- 0..1 CodeableConcept Вид материала, из которого взят образец --></type>
 <subject><!-- 0..1 Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device --></subject>
 <receivedTime value="[dateTime]"/><!-- 0..1 Время, когда образец был получен для обработки -->
 <parent><!-- 0..* Reference(Specimen) Другая проба, из которой была взята данная --></parent>
 <request><!-- 0..* Reference(ServiceRequest) Why the specimen was collected --></request>
 <collection>  <!-- 0..1 Подробности сбора -->
  <collector><!-- 0..1 Reference(Practitioner) Кто взял образец для анализа --></collector>
  <collected[x]><!-- 0..1 dateTime|Period Время сбора --></collected[x]>
  <duration><!-- 0..1 Duration How long it took to collect specimen --></duration>
  <quantity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Количество собранного образца --></quantity>
  <method><!-- 0..1 CodeableConcept Метод взятия образца --></method>
  <bodySite><!-- 0..1 CodeableConcept Анатомическое место взятия пробы --></bodySite>
  <fastingStatus[x]><!-- 0..1 CodeableConcept|Duration Whether or how long patient abstained from food and/or drink --></fastingStatus[x]>
 </collection>
 <processing>  <!-- 0..* Processing and processing step details -->
  <description value="[string]"/><!-- 0..1 Текстовое описание процедуры -->
  <procedure><!-- 0..1 CodeableConcept Indicates the treatment step  applied to the specimen --></procedure>
  <additive><!-- 0..* Reference(Substance) Материал, использованный на этом этапе обработки --></additive>
  <time[x]><!-- 0..1 dateTime|Period Date and time of specimen processing --></time[x]>
 </processing>
 <container>  <!-- 0..* Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.) -->
  <identifier><!-- 0..* Identifier Идентификатор контейнера --></identifier>
  <description value="[string]"/><!-- 0..1 Текстовое описание контейнера -->
  <type><!-- 0..1 CodeableConcept Вид контейнера, напрямую связанного с образцом --></type>
  <capacity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Объем или размер контейнера --></capacity>
  <specimenQuantity><!-- 0..1 Quantity(SimpleQuantity) Количество образца внутри контейнера --></specimenQuantity>
  <additive[x]><!-- 0..1 CodeableConcept|Reference(Substance) Additive associated with container --></additive[x]>
 </container>
 <condition><!-- 0..* CodeableConcept State of the specimen --></condition>
 <note><!-- 0..* Annotation Comments --></note>
</Specimen>

JSON-шаблон

{doco
  "resourceType" : "Specimen",
  // from Resource: id, meta, implicitRules, and language
  // from DomainResource: text, contained, extension, and modifierExtension
  "identifier" : [{ Identifier }], // Внешний идентификатор
  "accessionIdentifier" : { Identifier }, // Идентификатор, назначенный лабораторией
  "status" : "<code>", // available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
  "type" : { CodeableConcept }, // Вид материала, из которого взят образец
  "subject" : { Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) }, // Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
  "receivedTime" : "<dateTime>", // Время, когда образец был получен для обработки
  "parent" : [{ Reference(Specimen) }], // Другая проба, из которой была взята данная
  "request" : [{ Reference(ServiceRequest) }], // Why the specimen was collected
  "collection" : { // Подробности сбора
    "collector" : { Reference(Practitioner) }, // Кто взял образец для анализа
    // collected[x]: Время сбора. One of these 2:
    "collectedDateTime" : "<dateTime>",
    "collectedPeriod" : { Period },
    "duration" : { Duration }, // How long it took to collect specimen
    "quantity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Количество собранного образца
    "method" : { CodeableConcept }, // Метод взятия образца
    "bodySite" : { CodeableConcept }, // Анатомическое место взятия пробы
    // fastingStatus[x]: Whether or how long patient abstained from food and/or drink. One of these 2:
    "fastingStatusCodeableConcept" : { CodeableConcept }
    "fastingStatusDuration" : { Duration }
  },
  "processing" : [{ // Processing and processing step details
    "description" : "<string>", // Текстовое описание процедуры
    "procedure" : { CodeableConcept }, // Indicates the treatment step  applied to the specimen
    "additive" : [{ Reference(Substance) }], // Материал, использованный на этом этапе обработки
    // time[x]: Date and time of specimen processing. One of these 2:
    "timeDateTime" : "<dateTime>"
    "timePeriod" : { Period }
  }],
  "container" : [{ // Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
    "identifier" : [{ Identifier }], // Идентификатор контейнера
    "description" : "<string>", // Текстовое описание контейнера
    "type" : { CodeableConcept }, // Вид контейнера, напрямую связанного с образцом
    "capacity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Объем или размер контейнера
    "specimenQuantity" : { Quantity(SimpleQuantity) }, // Количество образца внутри контейнера
    // additive[x]: Additive associated with container. One of these 2:
    "additiveCodeableConcept" : { CodeableConcept }
    "additiveReference" : { Reference(Substance) }
  }],
  "condition" : [{ CodeableConcept }], // State of the specimen
  "note" : [{ Annotation }] // Comments
}

Turtle-шаблон

@prefix fhir: <http://hl7.org/fhir/> .doco


[ a fhir:Specimen;
  fhir:nodeRole fhir:treeRoot; # if this is the parser root

  # from Resource: .id, .meta, .implicitRules, and .language
  # from DomainResource: .text, .contained, .extension, and .modifierExtension
  fhir:Specimen.identifier [ Identifier ], ... ; # 0..* Внешний идентификатор
  fhir:Specimen.accessionIdentifier [ Identifier ]; # 0..1 Идентификатор, назначенный лабораторией
  fhir:Specimen.status [ code ]; # 0..1 available | unavailable | unsatisfactory | entered-in-error
  fhir:Specimen.type [ CodeableConcept ]; # 0..1 Вид материала, из которого взят образец
  fhir:Specimen.subject [ Reference(Patient|Group|Device|Substance|Location) ]; # 0..1 Where the specimen came from. This may be from patient(s),from a location (e.g., the source of an environmental sample), or a sampling of a substance or a device
  fhir:Specimen.receivedTime [ dateTime ]; # 0..1 Время, когда образец был получен для обработки
  fhir:Specimen.parent [ Reference(Specimen) ], ... ; # 0..* Другая проба, из которой была взята данная
  fhir:Specimen.request [ Reference(ServiceRequest) ], ... ; # 0..* Why the specimen was collected
  fhir:Specimen.collection [ # 0..1 Подробности сбора
    fhir:Specimen.collection.collector [ Reference(Practitioner) ]; # 0..1 Кто взял образец для анализа
    # Specimen.collection.collected[x] : 0..1 Время сбора. One of these 2
      fhir:Specimen.collection.collectedDateTime [ dateTime ]
      fhir:Specimen.collection.collectedPeriod [ Period ]
    fhir:Specimen.collection.duration [ Duration ]; # 0..1 How long it took to collect specimen
    fhir:Specimen.collection.quantity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Количество собранного образца
    fhir:Specimen.collection.method [ CodeableConcept ]; # 0..1 Метод взятия образца
    fhir:Specimen.collection.bodySite [ CodeableConcept ]; # 0..1 Анатомическое место взятия пробы
    # Specimen.collection.fastingStatus[x] : 0..1 Whether or how long patient abstained from food and/or drink. One of these 2
      fhir:Specimen.collection.fastingStatusCodeableConcept [ CodeableConcept ]
      fhir:Specimen.collection.fastingStatusDuration [ Duration ]
  ];
  fhir:Specimen.processing [ # 0..* Processing and processing step details
    fhir:Specimen.processing.description [ string ]; # 0..1 Текстовое описание процедуры
    fhir:Specimen.processing.procedure [ CodeableConcept ]; # 0..1 Indicates the treatment step  applied to the specimen
    fhir:Specimen.processing.additive [ Reference(Substance) ], ... ; # 0..* Материал, использованный на этом этапе обработки
    # Specimen.processing.time[x] : 0..1 Date and time of specimen processing. One of these 2
      fhir:Specimen.processing.timeDateTime [ dateTime ]
      fhir:Specimen.processing.timePeriod [ Period ]
  ], ...;
  fhir:Specimen.container [ # 0..* Непосредственный контейнер образца (пробирка/слайд и т. п.)
    fhir:Specimen.container.identifier [ Identifier ], ... ; # 0..* Идентификатор контейнера
    fhir:Specimen.container.description [ string ]; # 0..1 Текстовое описание контейнера
    fhir:Specimen.container.type [ CodeableConcept ]; # 0..1 Вид контейнера, напрямую связанного с образцом
    fhir:Specimen.container.capacity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Объем или размер контейнера
    fhir:Specimen.container.specimenQuantity [ Quantity(SimpleQuantity) ]; # 0..1 Количество образца внутри контейнера
    # Specimen.container.additive[x] : 0..1 Additive associated with container. One of these 2
      fhir:Specimen.container.additiveCodeableConcept [ CodeableConcept ]
      fhir:Specimen.container.additiveReference [ Reference(Substance) ]
  ], ...;
  fhir:Specimen.condition [ CodeableConcept ], ... ; # 0..* State of the specimen
  fhir:Specimen.note [ Annotation ], ... ; # 0..* Comments
]

Changes since Release 3

Specimen
Specimen.subject
  • Min Cardinality changed from 1 to 0
  • Type Reference: Added Target Type Location
Specimen.request
  • Type Reference: Added Target Type ServiceRequest
  • Type Reference: Removed Target Type ProcedureRequest
Specimen.collection.duration
  • Added Element
Specimen.collection.fastingStatus[x]
  • Added Element
Specimen.condition
  • Added Element

See the Full Difference for further information

This analysis is available as XML or JSON.

See R3 <--> R4 Conversion Maps (status = 4 tests that all execute ok. All tests pass round-trip testing and 2 r3 resources are invalid (0 errors).)

 

See the Profiles & Extensions and the Альтернативные определения: Основное определение XML + JSON, XML Schema/Schematron + JSON Schema, ShEx (for Turtle) + see the extensions & the Анализ зависимостей

PathОписаниеТипСсылка
Specimen.status Коды описания состояния/доступности образца для анализа.RequiredSpecimenStatus
Specimen.type Тип образца для анализа.Examplev2.0487
Specimen.collection.method Метод выполнения процедуры.ExampleFHIRSpecimenCollectionMethod
Specimen.collection.bodySite Коды описания анатомического расположения. Могут включать указание латеральности.ExampleSNOMEDCTBodyStructures
Specimen.collection.fastingStatus[x] Codes describing the fasting status of the patient.Extensiblev2.0916
Specimen.processing.procedure Тип метода, используемого для обработки образца для анализа.ExampleSpecimenProcessingProcedure
Specimen.container.type Тип контейнера с образцом.ExampleSpecimenContainer
Specimen.container.additive[x] Вещество, добавленное в контейнер с образцом.Examplev2.0371
Specimen.condition Codes describing the state of the specimen.Extensiblev2.0493

Параметры поиска для этого ресурса. Также к нему применяются общие параметры. Более подробную информацию о поиске в REST, обмене сообщениями и сервисах см. в разделе Поиск.

ИмяТипОпределениеВыражениеIn Common
accessiontokenИнвентарный номер, ассоциируемый с образцомSpecimen.accessionIdentifier
bodysitetokenКод анатомического расположения, откуда был взят образец для анализаSpecimen.collection.bodySite
collecteddateДата сбора образца для анализаSpecimen.collection.collected
collectorreferenceКто взял образец для анализаSpecimen.collection.collector
(Practitioner)
containertokenВид контейнера с образцомSpecimen.container.type
container-idtokenУникальный идентификатор, ассоциированный с контейнером образцаSpecimen.container.identifier
identifiertokenУникальный идентификатор, ассоциированный с образцомSpecimen.identifier
parentreferenceРодительский источник образцаSpecimen.parent
(Specimen)
patientreferenceПациент, у которого был взят образецSpecimen.subject.where(resolve() is Patient)
(Patient)
statustokenavailable | unavailable | unsatisfactory | entered-in-errorSpecimen.status
subjectreferenceУ кого взяли образец для анализаSpecimen.subject
(Group, Device, Patient, Substance, Location)
typetokenТип образца для анализаSpecimen.type